ニコンは、D300以降の機種に「倍率色収差軽減」がついています。
詳しくはこちら
http://dc.watch.impress.co.jp/cda/longterm/2008/05/21/8516.html
この機能は、古いニッコールレンズも含め色収差情報をカメラ側が持っていて、撮影時にそのレンズとの組み合わせにより修正してしまうという機能です。
D200をベースにしているS5proでは当然この機能はついていません。
APAの友人は明らかに写りに違いが出たと言っていました。

そんな機能を補ってくれるソフトを見つけました。
少し話はそれます。
もともとJPEGでも使えるS5pro。
Jpeg撮影したデーターのホワイトバランスを後で整えるのにアドビブリッジを使っています。
フォトショップでS5proのRAWファイルを開こうとすると自動でフォトショップのRAW現像機能が表に出てきます。
JPEG画像ではただ開くだけ。
しかし、アドビブリッジを立ち上げファイルを選び、「CAMERA RAWでひらく」でJPEG画像を開くと、
「Camera Raw」が起動するのでJPEGでもホワイトバランスをかえる事が出来ます。

話を戻します。
見つけたソフト（ある方のおかげで見つける事が出来ました）とは、
「DxO Optics Pro v6」
http://www.dxo.com/jp/photo
このソフト光学補正として、
「レンズディストーション補正」
「ヴィネット補正（画像四隅の光量不足）」
「カラーフリンジ（色収差）補正」
「レンズブラー補正」
「ボリューム歪象補正」
「キーストーン／水平補正」
当然ニコンの「倍率色収差軽減」のカバーしています。
何よりもうれしいのが「レンズブラー補正」
詳しくはHPを見てください。
これら全てを自動で行います。
カメラとレンズ、そしてISO,焦点距離などいろいろな情報を加味し、自動補正するようです。

この販売元のソフトウェアトゥーに質問しました。
「S5PROはサポートに入っていますが、ハニカムCCDに対応していますか？」
この質問に担当してくれた方は丁寧に応対してくれました。
そしてわざわざ開発元のフランスに直接問い合わせてくれたようです。
その返事は
「ハニカムCCDに使われているR画像の情報もしっかりと利用しています。」
S5proは、S画像は通常使われる領域。オプションとしてR画像を使い400%までのばしていると
認識しています。今回の解答はまじめにハニカムCCDも調べてサポート機種に入れていると言う事。
純正ソフトのHS-V3はRAWならば後で100%から400%とかえる事が出来ます。
このソフトではそこ迄は無理でしょう。しかし最初から400%で撮っておけばしっかりとSとRの領域を
使い画像が形成されているので「DxO Optics Pro v6」は力を発揮できるかも。
シルキーも調べました。
でもS5proに必要なのは光学補正部門かも。
色は良いのですから。
しばらく検証してみます。